В настоящее время ключевым исполнительным коллегиальным органом Проекта 5-100 в университете выступает Дирекция Программы по повышению конкурентоспособности КФУ. Дирекцию возглавляет ректор КФУ, он созывает ее заседания, председательствует на них и организует ведение протокола. Состав Дирекции утверждается приказом ректора КФУ. Руководитель Дирекции имеет заместителей из числа членов Дирекции, один из которых является проектным менеджером Программы повышения конкурентоспособности КФУ, остальные – курируют приоритетные направления развития КФУ и приравнены по объему полномочий к проректорам. Кроме того, в состав Дирекции входят ключевые проректора, администратор Программы по повышению конкурентоспособности КФУ, а также руководители административно-управленческих подразделений университета.

Дирекция в период своей работы осуществляет следующие полномочия:

• Принятие решений об открытии новых специальностей и направлений подготовки с последующим получением лицензии в установленном порядке;
• Принятие структуры КФУ, а также изменений и дополнений к ней в части подразделений, осуществляющих образовательную и научную деятельность, за исключением создания и ликвидации филиалов;
• Принятие типовых и примерных положений о структурных подразделениях КФУ в части подразделений, осуществляющих образовательную и научную деятельность;
• Принятие Устава КФУ, изменений и дополнений к нему;
• Разработка стратегии и перспективного плана развития КФУ;
• Рассмотрение, детализация и изменение мероприятий Программы повышения конкурентоспособности КФУ с учетом плана его развития;
• Рассмотрение проектов, инициируемых в рамках Программы повышения конкурентоспособности КФУ, утверждение объемов их финансирования, штатного расписания, ключевых показателей эффективности (KPI);
• Инициирование заседаний Ученого совета, Наблюдательного совета, Попечительского совета КФУ;
• Утверждение процедуры проведения выборов и конкурсов на замещение должностей профессорско-преподавательского состава, рассмотрение результатов исполнения эффективных контрактов, заключаемых с работниками КФУ, и принятие решения по результатам их рассмотрения, внесение предложений по изменению и дополнению эффективных контрактов, заключаемых с работниками КФУ;
• Отбор претендентов из числа ведущих российских и зарубежных специалистов для работы в КФУ;
• Принятие решения о необходимости внесения изменений и (или) дополнений в локальные нормативные акты КФУ;
• Решение других вопросов, отнесенных к ее компетенции нормативными правовыми актами и Уставом КФУ.

С переходом к системе управления Программой повышения конкурентоспособности на основе САЕ, за Дирекцией Программы повышения конкурентоспособности КФУ сохраняются полномочия, связанные с реализацией уставных, стратегических и общесистемных задач развития университета (трансформационная компонента). В отношении САЕ Дирекция оставляет за собой:

• Общую координацию процессов развития всех САЕ, в том числе согласование и утверждение общего бюджета САЕ;
• Выделение дополнительных средств из бюджетных и внебюджетных источников на развитие САЕ сверх установленных лимитов;
• Ключевых показателей эффективности (KPI) в целом по САЕ;
• Избрание и переизбрание руководителей САЕ, исходя из достигнутых результатов;
• Принятие решений по расширению/сокращению организационного состава САЕ, административному переподчинению элементов САЕ базовому институту;
• Формирование предложений по созданию новых САЕ.

Все полномочия, касающиеся решения стратегических и операционно-тактических задач, возложенных на конкретную САЕ, в том числе распределения финансовых ресурсов внутри САЕ, декомпозиции общих KPI между проектами САЕ, мониторинга эффективности реализации проектов внутри САЕ, подбора кадров, выбора механизмов и инструментов достижения установленных целевых показателей и др., передаются на уровень САЕ.

Коллегиальными органами управления САЕ будут являться Координационный совет САЕ и Консультативный научно-экспертный совет САЕ. Исполнительными органами – Дирекция САЕ и проектный офис САЕ.

Дирекция САЕ:

• Директор ИГиНГТ;
• Руководители направлений САЕ — 5 человек;
• Администратор проекта;
• Группа информационного обеспечения — 3 человека;
• Группа сопровождения международной деятельности  в рамках САЕ  -3 человека.

Руководитель САЕ осуществляет оперативное управление руководителями направлений САЕ, планирует, контролирует ход реализации проектов и достижения ключевых показателей, обеспечивает руководителей направлений необходимыми ресурсами для реализации деятельности в рамках направлений САЕ.

Руководители направлений САЕ организуют оперативную работу в рамках проекта с целью достижения поставленных перед ними ключевых показателей САЕ.

Группа информационного обеспечения совместно с Департаментом информатизации и связи КФУ осуществляет информационную поддержку и сопровождение деятельности в рамках каждого направления САЕ.

Группа сопровождения международной деятельности совместно с Департаментом внешних связей КФУ обеспечивает поддержку международной деятельности каждого направления в рамках САЕ.